El Consejo Directivo es la máxima autoridad administrativa del Instituto. Está integrado por siete consejeros, cada uno designado por un país miembro.
Luis Fernando Damiani Bustillos, Magistrado de la Sala Constitucional del Tribunal Supremo de Justicia de la República Bolivariana de Venezuela. Presidente del Instituto Iberoamericano de Altos Estudios Judiciales.
Agustina Díaz Cordero, Vicepresidenta del Consejo de la Magistratura de la República de Argentina.
Patricia Vargas González. Doctora en Derecho Penal de la Universidad de Salamanca, España y Máster en Ciencias Penales de la Universidad de Costa Rica. Además, es Profesora titular de la Facultad de Derecho de la Universidad de Costa Rica. Coordina las Subcomisiones de la Jurisdicción Penal Juvenil; de Trata de Personas y Tráfico Ilícito de Migrantes y de Privados de Libertad.
Marco Rodríguez Ruiz, Juez y Presidente de la Sala Especializada de lo Penal, Penal Militar, Penal Policial y Tránsito de la Corte Nacional de Justicia de la República del Ecuador.
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Miriam Yadira Cheng Rosas, Magistrada de la Sala Laboral-Contenciosa de la Corte Suprema de la República de Panamá.
Angel Elizandro Brito Pujols, Director de la Escuela Nacional de la Judicatura de República Dominicana.
Cayetano Nuñez González, Doctor en Derecho.
Profesor de la Universitat de València. Director Ejecutivo del Instituto Iberoamericano de Altos Estudios Judiciales.
