El Instituto Iberoamericano de Altos Estudios Judiciales (IIAEJ) cuenta con una estructura organizativa que promueve la colaboración entre los poderes judiciales de Iberoamérica. Esta red interconectada facilita el intercambio de conocimientos, experiencias y mejores prácticas en el ámbito judicial. Mediante una gobernanza participativa y descentralizada, el IIAEJ asegura que las necesidades y prioridades de cada jurisdicción sean atendidas de manera efectiva.

La estructura general del Instituto establece como primera autoridad a la Asamblea Plenaria de la Cumbre, integrada por las presidentas y los presidentes de las Cortes y Tribunales Supremos, así como por las presidentas y los presidentes de los Consejos de la Magistratura de los países iberoamericanos que forman parte de la Cumbre Judicial Iberoamericana.

El Consejo Directivo, elegido por la Asamblea Plenaria, es la máxima autoridad administrativa y está compuesto por siete (7) consejeros, uno por cada país miembro. Estos consejeros tienen la facultad de elegir al presidente del Instituto, así como a su director ejecutivo.

Además, dentro de su estructura el Instituto cuenta con una Secretaría General y un Consejo Técnico Asesor, compuesto por la Coordinación Académica, la Coordinación de Administración y Talento Humano y la Coordinación de Proyectos, Convenios y Extensión.